水处理净化工程的难点主要包括以下几个方面：

1. 水质净化技术的选择：根据原水水质的不同，需要选择合适的混凝沉淀、过滤、吸附、膜分离等水质净化技术。这需要专业的技术人员进行水质分析和工艺设计。

2. 工程设计和规划：水处理净化工程需要进行合理的工程设计和规划，包括处理工艺的选择、结构设计、设备选型等。此外，还需要考虑工程实施的可行性、经济性和长期运行的稳定性。

3. 环境影响评估：水处理净化工程的建设和运行会对周边环境产生一定的影响，需要进行环境影响评估，确保工程符合环保要求。

4. 运营管理：水处理净化工程的运营管理也是一个难点，包括运行维护、设备更新、人员管理等方面。需要建立完善的运营管理制度和应急预案，确保工程的安全、稳定、有效运行。

5. 技术更新和改造：随着水处理技术的不断发展，需要对现有的水处理净化工程进行技术更新和改造，以提高处理效率、降低能耗和减少污染物排放。

综上所述，水处理净化工程涉及多个方面的难点，需要专业的技术人员和管理人员进行全面的规划、设计、建设和运营管理。